Hai năm sau trận chiến cuối cùng, khi hòa bình tưởng chừng đã trở lại, quái vật bất ngờ trỗi dậy khiến Trái Đất một lần nữa rơi vào hỗn loạn. Sau chuỗi sự kiện trong Ultraman Trigger, Kengo và đội GUTS-Select phát hiện Dark Z đang nhắm đến sức mạnh của Trigger, kéo theo một âm mưu nguy hiểm đe dọa toàn nhân loại. Trước hiểm họa ngày càng lớn, Ultraman Trigger buộc phải hợp lực cùng Ultraman Z trong trận chiến quyết định để ngăn chặn thảm họa và bảo vệ hòa bình vũ trụ.

Diễn ra hai năm sau sự kiện của Ultraman Trigger, một mối đe dọa cực kỳ cổ xưa lại xuất hiện, dẫn đến sự trở lại của Ultraman Trigger và Ultraman Zett để cứu thế giới, nhưng mọi chuyện không như vẻ bề ngoài.

Ba Cự nhân Bóng tối hồi sinh từ phong ấn cổ đại với dã tâm chiếm Lõi Vĩnh cửu và đe dọa sự an toàn của vũ trụ. Trước tình cảnh đó, nhà thực vật học Sao Hỏa Manaka Kengo hợp nhất với Ultraman Trigger và cùng các thành viên của GUTS-Select để cứu nhân loại khỏi âm mưu xấu xa của chúng.

Kengo Manaka trẻ tuổi sống trên sao Hỏa. Khi anh đang sống cuộc sống yên bình hàng ngày, con quái vật Golba đột nhiên xuất hiện, khiến thị trấn rơi vào hỗn loạn! Trong khi đó, Kengo có cuộc gặp gỡ định mệnh với bức tượng đá khổng lồ đang ngủ sâu dưới lòng đất trên sao Hỏa. Khi Kengo trở thành một người có ánh sáng Siêu Cổ, vận mệnh của anh buộc phải chuyển động!